2023年9月19日，澳门新浦新京5197何霞红教授团队在真菌学领域高质量期刊 Journal of Fungi （中科院2区，IF=4.7）发表了题为“Development of Simple Sequence Repeat Markers and Genetic Diversity Evaluation of Mycocentrospora acerina in Yunnan Province, China”的研究论文。该论文基于三七圆斑病菌槭菌刺孢M. acerina的基因组信息分析了其SSR序列的分布，并开发出高多态性引物32对，其中14个多态性位点共检测到264个等位基因，遗传多样性为0.813~0.946，群体期望平均杂合度为0.897.

三七为五加科传统中药材，具有多种药理应用。大规模的种植在生产过程中引发多种严重病害，其中由M. acerina引起的三七圆斑病在雨季发生面积广，造成损失严重，限制三七产业的绿色发展。而病原菌群体与病害的发生密切相关，因此，了解病原菌种群的遗传结构和分布可以提供适当的病害防控策略。

所有地理来源菌株均基于其菌落/分生孢子进行鉴定（图1，2），并根据ITS 1/4序列构建的系统发育树显示，所有分离株均与M. acerina聚为一枝（图3）。

图1 云南省6个槭菌刺孢种群的地理分布

图2 槭菌刺孢菌落（A）和分生孢子（B）

图3 基于ITS1序列构建的系统进化树

其中单核苷酸重复序列3379个（40.96%），二核苷酸重复序列1608个（19.49%），三核苷酸重复序列2137个（25.90%），四核苷酸重复序列641个（7.77%），五核苷酸重复序列179个（2.17%），六核苷酸重复序列306个（3.71%）。每个SSR的最大重复次数为81、40、155、217、72和144（图4）。

图4 槭菌刺孢基因组中SSR分布和频率。MNR：单核苷酸重复序列，DNR：二核苷酸重复序列； TNR：三核苷酸重复序列，TeNR：四核苷酸重复序列，PNR：五核苷酸重复序列，HNR：六核苷酸重复序列

在槭菌刺孢基因组中，单核苷酸SSR中含有2449个T或A碱基（72.47%），含有930个C或G碱基（27.53%）。观察到四种类型的二核苷酸重复：AC（32.23%）、AG（49.84%）、AT（17.84%）和CG（0.56%）。最常见的三核苷酸重复类型为AAC/GTT（11.26%）、AAG/CTT（22.28%）和AAT/ATT（2.16%）（图5）。

图5 单、二和三核苷酸简单序列重复（SSR）

从187个菌株中共扩增出148条多态性带。用14对SSR引物对槭菌刺孢进行了分析。PIC范围为0.813（MP56）至0.946（MP 114），平均PIC值为0.885，均为高度多态性。平均每个位点的等位基因数为18.857。14个位点的观察杂合度（Ho）为0，期望杂合度（He）在0.831 ~ 0.951之间，平均为0.897。聚类分析显示，槭菌刺群体相似系数范围为0.83 ~ 0.97（图6）。

图6 基于遗传相似系数的云南省187株槭菌刺孢菌的聚类分析。不同的颜色表示不同的采样位置。SZL（建水）、BS（泸西）、JS（建水）、MZ（蒙自）、LP（龙朋）和SC（绍冲）为红河分离物。文山产的真菌有YS（燕山）、WS（文山）、LSJ（丘北）、SDM（丘北）、XXZ（丘北）、DM（杜蒙）和PB（文山）。DYZ和SYK为曲靖分离物。XD（寻甸）、XD-JD（寻甸）和XJK（石林）为昆明产的真菌。LJ为丽江分离菌株

澳门新浦新京5197在读博士生王慧玲为第一作者，已毕业博士杨宽为共同第一作者，何霞红教授、郭力维副教授为该论文的通讯作者。该研究得到现代农业产业技术体系建设专项资金资助（CARS-21），云南省科技创新研究团队（202105AE160016）等项目的支持。

论文链接：https://www.mdpi.com/2309-608X/9/9/944